- 数据的存储结构不同：
MyISAM会在磁盘上存储三个文件：表的定义(.frm)，数据文件(.MYD)和索引文件(.MYI)。
InnoDB会在磁盘上存储两个文件：表的定义(.frm)，数据和索引文件(.ibd)。 - 存储空间大小不同：
MyISAM存储空间相对较小，而InnoDB需要更多的存储空间。 - 对事务的支持不同：
MyISAM多用于查询比较多的表，所以不支持事务；而InnoDB多用于增、删、改比较频繁的表，其支持事务。 - 对锁的支持程度不同：
MyISAM只支持表锁，上锁时需要锁定整个表格，效率会偏低；而InnoDB支持行锁，只需要锁定某一行，所以效率会高一些。 - 外键支持不同：
MyISAM不支持外键，而InnoDB支持外键。 - 主键定义不同：
MyISAM可以不定义主键，如果定义了主键，则会是主键索引；而InnoDB必须要有主键，如果没有定义主键，系统会自动创建一个隐藏的6byte的int型索引。